Depuis le 22 décembre 2006, la Communauté de Communes s'est substituée au Syndicat des Eaux de MOLSHEIM et Environs dans l'exercice de la compétence « EAU ».
La Communauté de Communes est ainsi en charge de la production, du traitement, du transport et de la distribution de l'eau potable pour 11 de ses 14 Communes membres : ALTORF, AVOLSHEIM, DACHSTEIN, DINSHEIM/BRUCHE, DORLISHEIM, ERGERSHEIM, GRESSWILLER, MOLSHEIM, MUTZIG, WOLXHEIM et SOULTZ-LES-BAINS.
La Commune de SOULTZ-LES-BAINS a rejoint, début 2010, la Communauté de Communes en quittant le Syndicat des Eaux du Kronthal, dont elle dépendait jusqu'alors. Les Communes d'ERNOLSHEIM-SUR-BRUCHE, DUTTLENHEIM et DUPPIGHEIM sont, quant à elles, rattachées au Syndicat de Strasbourg Sud.
La population totale desservie par le réseau d'eau géré par la Communauté de Communes est de 27 005 habitants, ce qui représente un total de 7830 abonnés.
La Communauté de Communes est compétente pour la réalisation, l'étude, l'amélioration, la rénovation, l'extension, le contrôle, l'entretien et l'exploitation des équipements publics de production, de transport et de distribution d'eau potable, incluant la gestion des abonnés et l'assistance administrative.
Cependant, depuis juillet 2007, elle a confié au S.D.E.A. (Syndicat des Eaux et de l'Assainissement du Bas-Rhin) l'exploitation de son réseau. Le S.D.E.A. exerce ainsi, pour le compte de la Communauté de Communes, les missions suivantes :
Le service « EAU et ASSAINISSEMENT » de la Communauté de Communes est géré par deux Techniciens : MM. Georges WEBER et Régis MULLER. Ceux-ci réalisent les différentes études, lancent les appels d'offres, assurent le suivi des marchés et des travaux structurants des réseaux d'alimentation en eau potable et en assainissement.
En 2009, la Communauté de Communes a consacré près de 1 120 000,00 € pour l'entretien et le fonctionnement de son réseau d'eau potable (pompage, traitement de l'eau, recherche de fuites, réparation sur réseau, gestion des abonnés…) et plus de 2 000 000,00 € pour la réalisation de travaux neufs.